교회의 훈련 목표는 “모든 성도들을 주님의 제자로 만든다”는 것입니다. 이 목표는 '제자훈련' 목회철학의 기반위에 세워져 있습니다. 한국에 1,000만 명의 그리스도인들이 있고 미국에서도 수많은 한인교회와 믿는 사람들이 많이 있음에도 불구하고 나라와 사회가 새로워지지 아니하고 모든 분야에 있어서 부정과 불의와 죄악이 팽배해 있는 이런 현실을 바라보면서 과연 우리 크리스천들은 무엇을 하고 있는가? 아니, 더 나아가서 도대체 그리스도인들은 어떠한 사람들이기에 아무런 영향을 끼치고 있지 못하고 있는가 하는 문제의식과 교회의 책임을 느끼지 않을 수가 없습니다.
나만 구원받고 내 가족들만 구원받으면 되지 하는 자기 개인적이고 이기적인 신앙의 자세, 사회와 나라가 어찌되든지 나만 평안하고 복을 받으면 되지 하는 무사 안일한 신앙의 자세, 주일 하루 외에 다른 날은 전혀 신앙생활하지 않는 사람들과 똑같이 행동하는 이원론적인 신앙의 자세, 개인의 신앙이 사회 구석구석에 전혀 영향을 미치지 못하고 있는 무능력한 신앙의 자세 등을 거부하고 강한 예수님의 제자로 양육하고 훈련을 시키는 것이 제자훈련의 목표입니다.
그러므로 제자훈련 목표를 달성하기 위해서 집중하고 있는 훈련은 다음과 같습니다. 하나는 ‘내적인 훈련’입니다. 즉 주님의 성품을 닮아가는 것입니다. 생각과 말과 행실과 인격이 주님을 닮아가도록 훈련을 시키는 것입니다. 말씀과 기도를 통해서 나의 내면이 변화되는 훈련이요, 하나님의 뜻을 발견해 나가는 훈련이요, 하나님의 뜻을 순종해 나가는 훈련입니다. 또 하나는 ‘외적인 훈련’입니다. 공격적이고 전투적인 자세를 갖추는 적극적인 훈련이며 다른 사람을 전도하는 훈련이요, 사회 속에서 크리스천으로서 봉사와 섬김을 통해 빛과 소금과 등대의 역할을 능동적으로 과감하게 감당하게 하는 훈련입니다.